La causa exacta del esófago de Barrett no se conoce. La mayoría de las personas con esófago de Barrett tienen una larga ERGE. Se cree que la ERGE hace que el contenido del estómago refluye hacia el esófago, causando daño en el esófago. Como el esófago trata de curarse a sí mismo, las células puede cambiar el tipo de células que se encuentran en el esófago de Barrett.

Sin embargo, algunas personas con diagnóstico de esófago de Barrett nunca han experimentado acidez o reflujo ácido. No está claro qué causa el esófago de Barrett en estos casos.